Orientações necessárias
Orientações para o cliente
I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Manual do exame
Orientações necessárias
I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Processamento e adequação da amostra
Não se aplica, pois não há coleta de amostra.
Dados brutos devem seguir diretrizes próprias de qualidade, sendo responsabilidade do cliente o envio de dados adequados para análise.
Método
O exame inclui a análise de bioinformática utilizando um pipeline padronizado de matagenômica focado na identificação e recuperação de genomas virais a partir de dados de sequenciamento massivo paralelo (NGS) de DNA ou RNA total de uma amostra. Os resultados principais são disponibilizados através de tabelas e gráficos na plataforma proprietária Varsmetagen, onde também é possível fazer o download dos arquivos processados:
BAM: Arquivo contento o alinhamentos dos reads contra o genoma de referência de vírus específicos
FASTA: Genoma do patógeno viral montado a partir do método de novo e consenso
CSV: Tabela com a identificação taxonômica dos organismos e métricas de abundância e diversidade
VCF: Arquivo com a chamada de variantes para vírus específicos
Interpretação e comentários
O exame de viroma é uma análise avançada desenvolvida para identificar de forma abrangente e sem viéses patógenos virais presentes no corpo humano ou amostras ambientais. Diferente de testes que focam em vírus específicos ou usam primers direcionados, o exame de viroma utiliza tecnologia de sequenciamento massivo paralelo para detectar uma ampla gama de vírus, fornecendo uma visão detalhada do panorama viral do paciente.
O viroma refere-se ao conjunto de genomas virais que podem estar presentes em um indivíduo. A análise é realizada sequenciando o material genético viral encontrado em amostras clínicas, como sangue, saliva, fezes, ou outros tecidos. Essa abordagem permite a identificação de vírus conhecidos e novos, incluindo aqueles que podem ser difíceis de detectar por métodos tradicionais de PCR ou sorologia.
O exame de viroma baseia-se no sequenciamento de nucleotídeos do material genético viral encontrado nas amostras do paciente. A tecnologia de sequenciamento massivo paralelo garante uma cobertura abrangente e uma sequência consenso de alta acurácia. As leituras de sequenciamento são comparadas a bancos de dados de referência viral para identificar potenciais patógenos.
Os dados obtidos são interpretados por virologistas e bioinformaticistas certificados, que consideram o histórico médico do paciente para fornecer uma análise clínica precisa e relevante. A interpretação dos resultados pode ajudar a identificar infecções virais ativas, passadas, ou crônicas, e a entender melhor o papel dos vírus na saúde do paciente.
Os seguintes arquivos podem ser disponibilizados para análise adicional:
FASTQ: Arquivo com as sequências curtas de sequenciamento pós controle de qualidade
BAM: Arquivo contento o alinhamentos dos reads contra o genoma de referência de vírus específicos
FASTA: Genoma do patógeno viral montado a partir do método de novo e consenso
CSV: Tabela com a identificação taxonômica dos organismos e métricas de abundância e diversidade
VCF: Arquivo com a chamada de variantes para vírus específicos