Orientações necessárias
Orientações para o cliente
I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Manual do exame
Orientações necessárias
I - Preparo
Não é necessário preparo
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Processamento e adequação da amostra
Não se aplica, pois não há coleta de amostra.
Dados brutos devem seguir diretrizes próprias de qualidade, sendo responsabilidade do cliente o envio de dados adequados para análise.
Método
O exame inclui a análise de bioinformática utilizando um pipeline padronizado de bioinformática focado na identificação e recuperação de genomas bacterianos a partir de dados de sequenciamento massivo paralelo (NGS) do DNA extraído de um isolado. Os resultados principais são disponibilizados através de tabelas e gráficos na plataforma proprietária Varsmetagen, onde também é possível fazer o download dos arquivos processados:
BAM: Arquivo contento o alinhamentos dos reads contra o genoma de referência da bactéria
FASTQ: Arquivo com as sequências curtas de sequenciamento pós controle de qualidade
FASTA: Genoma da bactéria montado a partir do método de novo, consenso ou por binagem
CSV: Tabela com a identificação taxonômica dos organismos e métricas de abundância e diversidade
VCF: Arquivo com a chamada de variantes para bactérias específicas, quando disponível
Interpretação e comentários
O exame de sequenciamento completo do genoma (WGS) de bactéria é uma análise avançada desenvolvida para identificar isolados bacterianos ao nível de cepa e recuperar o seu genoma completo ou parcial. Utilizando a tecnologia de sequenciamento massivo paralelo, este exame permite uma caracterização precisa e detalhada do microrganismo, essencial para diagnósticos clínicos, estudos epidemiológicos de clonalidade e desenvolvimento de tratamentos.
O exame de WGS de bactéria baseia-se no sequenciamento de todo o genoma bacteriano presente na amostra de isolado. A análise é realizada em amostras provenientes de isolados e culturas. A tecnologia de sequenciamento massivo paralelo garante uma cobertura abrangente e uma sequência consenso de alta acurácia, permitindo a montagem completa ou parcial do genoma bacteriano.
As leituras de sequenciamento são comparadas a bancos de dados de referência para identificar a cepa específica e suas características genômicas. Os dados obtidos são interpretados por microbiologistas e bioinformatas certificados, que consideram o histórico médico do paciente para fornecer uma análise clínica precisa e relevante. A interpretação dos resultados pode ajudar a identificar a fonte da infecção, avaliar a resistência a antibióticos, e monitorar surtos bacterianos.
Os seguintes arquivos podem ser disponibilizados para análise adicional:
FASTQ: Arquivo contendo as leituras de sequenciamento pós processamento de qualidade;
BAM: Arquivo contendo os alinhamentos dos reads contra o genoma de referência;
FASTA: Genoma completo da bactéria montado pela técnica denovo, consenso ou binagem;
VCF: Arquivo com a chamada de variantes, incluindo SNPs e indels, em relação ao genoma de referência.
